Ich habe Mistbock gebaut und durch Experimente einige lokale Ordner in Mail gelöscht und noch einen GMX-POP-Account dazu.
Als Netz und doppelten Boden dient Time Machine, worin stündliche Backup stecken. Also 2h zurück und los gehts:

Die Accounts bzw. den GMX-Account konnte ich durch wiederherstellen von ~/User/Library/Preferences/com.apple.mail.plist holen. Dann ist der Eingangsordner für GMX wieder da (noch leer), aber nicht sein Gesendet-.Ordner.
Nächster Schritt war das wiederherstellen der Inhalte von ~/User/Library/Mail. Da schraubt er ein paar GB und fertig.
Beim neuen Starten von Mail werden dann die Mails aller IMAP-Accounts perfekt importiert - nur die von GMX nicht und die lokalen Ordner nicht bis auf einen, der klappt.

Kann mir jemand den Fuß von meiner Leitung nehmen? Ich verstehe das nicht.

Nachtrag: Merke grade, dass auch aller Filter-Regeln fehlen und die Signaturen.

Puh! Habs geschafft. Alles einzeln und Stück für Stück. Alles wieder heile.
Aber es ist doch ziemlich doof, das man Mail nicht komplett mit TM wiederherstellen kann.