Also, sowas hab ich jetzt auch noch nicht erlebt:
Mein PB lief über Nacht. In den Preferences war "Automatisches Abmelden nach 60 Minuten" aktiviert. Folglich hat das System meinen Hauptbenutzer heute nacht abgemeldet. Als ich mich heute früh wieder eingeloggt habe, begrüßt mich das System mit einem jungfräulichen Schreibtisch, Standard-Dock und leerem Userverzeichnis. Der Schock saß natürlich tief.
Erst im Terminal kam ich weiter:
Im Verzeichnis /Users gab es neben dem Hautbenutzer "schnapper" plötzlich noch ein verstecktes Verzeichnis .schnapper
Und in dem fanden sich alle Daten, Preferences. Also kurzerhand die beiden Verzeichnisse vertauscht, neu angemeldet und alles ging wieder.

Nur jetzt mal meine Frage: Wie kann sowas passieren? Hatte das schonmal jemand?

Du hast sicher die FileVault angeschaltet. Um die "Sicherheit" zu schaffen wird dein altes Userverzeichnis mit einem encryptierten Disk Image ersetzt. Wenn du dich einloggst wird deine Disk Image automatisch gemountet und zum Pfad deiner Userverzeichnis gelinkt. Für irgendeinen Grund hat das bei dir vielleicht nicht geklappt. Du sollst sicher sein, dass dein Disk Image noch da ist. Vielleicht ist es nur falsch gelinkt, weil du sagst, dass du deine Dateien schon gefunden hast.
Ich hab dein Problem nicht personlich gehabt, weil ich sehr schnell gesehen habe, wie FileVault so ein Kludge ist, und da vertraue ich nicht, das zu verwenden, weil dein ganzes Userverzeichnis in nur ein Datei (die Disk Image) gespeichert ist, und wenn der Disk Image irgendwie korruptiert ist oder verloren geht, da verliert man alles. Ich habe auch ein PB und Sorgen um Sicherheit, aber es ist mir nicht sicher genug, mein Daten zu nur ein Disk Image zu vertrauen. Hoffentlich kommt später eine bessere Lösung wo man individuelle Dateien oder ganze Partitionen verschlusseln kann.