In der Default-Einstellung hindert Gatekeeper nicht bei Apple zertifizierte bzw. signierte Apps daran ausgeführt zu werden. Auf der Entwickler-Seite bei Apple gibt es ja einige Artikel dazu.
Ich habe das Problem, dass meine Software nach dem Download aus dem Internet nicht ausgeführt wird mit der Fehlermeldung „Datei beschädigt und kann nicht geöffnet werden".
Jetzt frage ich mich, ob mir da eine Signierung überhaupt hilft. Seltsamerweise wird die App nach Deaktivieren des Gatekeeper hundertprozentig korrekt ausgeführt, was laut Apple ja gar nicht möglich sein sollte.
Wenn ich die App vom Filierter lade, also nicht per Download aus dem Netz, funktioniert sie eh ganz normal.
Hilft mir die Signierung da überhaupt weiter oder liegt das Problem doch wo anders?

Wenn Gatekeeper bei dir diese Meldung bring, ist deine geladene Software nicht mit einem von Apple vergebenen Zertifikat versehen. Das kann viele Gründe haben.
Wenn du Gatekeeper deaktivierst und die Software startest, wird sie ausgeführt. Das ist normal so.
Alternativ kannst du deine Software auch mit "Öffnen" (rechte Maustaste) ausführen und musst so nicht jedesmal den Gatekeeper deaktivieren.

Auf das Ausführen von Programmen hat Gatekeeper überhaupt keinen Einfluss.

Nur der allererste Start eines Programms, das über einen Download auf den Rechner gelangt ist, wird von Gatekeeper überwacht.

Das kann auch ein bekannter Bug in Mountain Lion und Mavericks sein, wenn der Download nicht auf der Systemplatte gespeichert wurde, sondern z.B. auf einem externen Gerät oder einem File Server. Es gibt auch noch viele andere Fehlerquellen, z.B. eine beschädigte Zertifikatsliste oder eine falsch eingestellte Uhrzeit.

Das Öffnen mit der rechten Maustaste und dem Menüeintrag „Öffnen" funktioniert nicht!
Es ist aber nicht nur der allererste Start der von Gatekeeper verhindert wird!
Die Software, die ich aus dem Netz geladen habe, startet auch beim x-ten Mal nicht, solange Gatekeeper nicht aktiviert ist.
Was mich letztlich interessiert ist, ob eine Signierung der App diese Probleme endgültig löst.

Bisher hat es bei mir in solchen Fällen geholfen die Gatekeeper Optionen auf alle erlauben oder wie es heißt zu stellen, dann die Problematische App starten, schließen und dann die Gatekeeper Optionen wieder wie gewünscht einstellen.

Ja klar, das funktioniert. Aber für Kunden muss es auch ohne Änderungen der Sicherheitseinstellungen funktionieren.

Das hört sich nicht nach Gatekeeper an.

Doch. Einzige Ausnahme sind Fälle, bei denen der aktuelle Benutzer kein Schreibrecht auf eine App hat. Dieser Fall ist aber bei einer gerade heruntergeladenen App unwahrscheinlich. Möglicherweise verwechselst Du Start und Startversuch?

Die Signatur löst einen Teil des Problems. Aber da hier ja nicht die "normale" Warnmeldung kommt, dass das Programm aus dem Internet stammt und möglicherweise nicht vertrauenswürdig ist, sondern eine Fehlermeldung, die darauf hindeutet, dass der Status des Programms überhaupt nicht ermittelt werden kann, müssen noch weitere Probleme vorliegen. Die möglichen Fehlerquellen habe ich bereits genannt: Beschädigte Systemzertifikate, falscher Ablageort, falsche Zeiteinstellung. Es gibt noch weitere Fehlerquellen, z.B. ein beschädigtes App-Bundle.

Zur Erinnerung:
Ab Mac OS X 10.4 sollte jedes Programm signiert sein.
Ab Mac OS X 10.7.3 sollte jedes Programm mit einer von Apple beglaubigten Signatur signiert sein.

Die Meldung kann auch vom diskmounter oder unarchiver kommen.

Hast Du einen Link, damit man sich das Problem mal ansehen kann.

Nee, mit einem Link kann ich leider nicht dienen. Ich werde mich um die Signierung kümmern und dann mal schauen.

@Marcel Bresink
„Doch. Einzige Ausnahme sind Fälle, bei denen der aktuelle Benutzer kein Schreibrecht auf eine App hat. Dieser Fall ist aber bei einer gerade heruntergeladenen App unwahrscheinlich. Möglicherweise verwechselst Du Start und Startversuch?"

Ok, dann verhindert Gatekeeper alle Startversuche. Nach einem ersten Start bei deaktiviertem Gatekeeper, startet das Programm bei aktiviertem Gatekeeper trotzdem nicht.