Mein Problem ist bei Apple Mail, dass ich jede Menge Postfächer habe, die auch über diverse Ebenen gestaffelt sind. In jedem Postfach wird ein laufendes Projekt verwaltet und innerhalb des Postfachs befinden sich mehrere "Unterordner" (Postfächer), in denen die entsprechenden Schritte des Projektfortschritts verwaltet werden.

Wenn ich innerhalb der Fächer eine Mail wähle und beantworte, landet sie nach dem Versand im globalen Postfach "Gesendet". Von dort muss ich sie zurück in das Verzeichnis bewegen, wo sich die Mail befindet, auf die sie sich referenziert. Weil die Betreffzeile sehr häufig identisch ist, ist die Zuordnung mühsam oder es schleichen sich bei der Zuordnung Fehler ein.

Gibt es eine Möglichkeit, dass die Antwort automatisch in das Postfach sortiert wird, in dem sich auch die anderen Mails des Mailthreads befinden? Danke für Tipps.

Applescript!
Die "neue" Mal per Applescript initiieren. Dadurch weiß das Script schon mal wo die Mail "her" kommt bzw welche mail markiert war auf die du antworteten willst. Diese nee Mail müßte eineID erhalten anhand man Sie dann später nachdem sie versendet wurde, identifizieren kann und wieder in den "richtigen" Ordner verschieben kann.
Das geht vielleicht sogar nachträglich wenn du einfach nur auf Antworten klickst. Da müßte man mal den Quelltext der Urprungsmail mit der Gesendeten vergleichen ob sich da Gemeinsamkeiten finden die sich zum "eintüten" verwenden lassen

Mit dem Plugin Mailhub geht das, allerdings nur am Mac.

Mailhub habe ich mir angeschaut, sehr interessant!
AppleScript wäre allerdings mein Favorit – leider bin ich auf dem Gebiet ein Noob und müsste auf einem Script aufsetzen, der nur noch minimal angepasst werden muss. Kennt jemand gute Quellen für Scripts?

Google
Such nach Applesript AppleMail. Leider hab ich im konkrete Fall mit Applemail keine Erfahrungen

Das ist Hammerschade, ich hatte mir schon klammheimlich Hoffnungen gemacht. Derzeit grase ich das Angebot bei MacScripter ab. Eventuell werde ich dort fündig.

Ich hatte hier mal ein Script gepostet ...
Das ist aber schon ewig her.
Ich verwende seit zig Jahren MailMate.

Hab über die „SuFu“ auf die Schnelle nichts finden können.
Vielleicht habe ich das Script noch irgendwo aufgehoben.