Wie ist das wenn ich 2 interne Festplatten habe?
Macht Time Machine Backups von beiden? Oder wie funktioniert das?

Habe jetzt ein Backup der Systemfestplatte gemacht.

Genau so funktioniert das.
TM macht Backups von allen Platten, auch von Externen!
... vom Allem, was man nicht in den Einstellungen ausschließt.
(Daher wird die TM-Platte auch automatisch ausgeschlossen!)

Habe anfangs ein Backup aller Festplatten gemacht.
Hat aber abgebrochen, als ich während des Backups Einstellungen geändert habe.
Danach nochmals probiert und am Ende hat er wieder abgebrochen mit einer Fehlermeldung.
Danach habe ich die zweite Festplatte ausgeschlossen. Da hat alles funktioniert.

Einmal solltest Du das Backup schon komplett durchlaufen lassen!