Damit es nicht langweilig wird:
Neuerdings merkt sich OS X nicht mehr den Status der Sondertasten (siehe Screenshot).
Deaktiviere ich die (unsinnige, nervige) Feststelltaste, so funktioniert das nur bis zum nächsten Neustart.
Dann geht bei Tastendruck drauf doch wieder die grüne LED an.
Habe ne kabelgebundene kleine Tastatur dran. OS X 10.12.2.

Möglicherweise eine Interaktion mit dem Treiber der Logitech-Maus (MX Master) namens Logitech Options?
Seit ich die hab gibt es bei Tastatur nämlich auch einen "USB-Receiver", bei dem ich auch Sondertasten festlegen kann (obwohl ich keine Logitech-Tastatur habe).

Beobachte dasselbe auf einem MacBook Air ohne irgendwelche Treiber von Logitech. Bei keiner der Sondertasten behält MacOS nach dem Neustart den Status "Keine Aktion" bei, wohl aber die Zuweisung anderer Funktionen.

Aha, interessant. Der Witz ist, dass das zuvor funktionierte bei mir. Aber auch temporalen Zusammenhängen Kausalität zu machen scheint wohl schwierig.