Einmal meine aktuelle Apple Watch und einmal meine ehemalige, obwohl diese schon vor Wochen von meinem iPhone (aktuelles iOS) entkoppelt wurde. Lustigerweise weiß die Health-App sogar davon: "Diese Apple Watch ist nicht mehr mit diesem iPhone gekoppelt."

Wozu diese (ehemalige) Quelle dann überhaupt angezeigt wird weiß wohl nur Apple.

Löschen vie Wischgeste lassen sich ehemalige Quellen offenbar auch nicht.

Gibt es irgendeine andere Möglichkeit, um diese Quellen zu entfernen? Außer das iPhone komplett zurückzusetzen?

Bug?

Dir bleibt nur das Zurücksetzen, dabei darfst Du alte Messungen nicht übernehmen.

siehst Du hier:

Also offenbar ein Bug.

Taucht dieses Verhalten auch in der aktuellen Beta von iOS 10 auf?

Auch gelöschte Apps, die Zugriff auf Health hatten, bleiben unlöschbar in der Übersicht.
Als Bug würde ich es nicht bezeichnen.
Apple markiert die Daten mit der Herkunft (App XY, Watch, iPhone,...). Wird die Quelle gelöscht, die Daten sollen aber verbleiben, dann muss auch in Health die Quelle als Verweis bleiben.
Unglücklich gelöst, weil das niemand weiß. V.a. bei der Apple Watch - die Apps könnte man sich ja neu installieren und dann korrekt und umfangreich löschen.