Ich hab meine 3 Festplatten vom NAS per afp eingebunden.
Das NAS ist ein QNAP - auf den 3 Festplatten befindet sich immer 1 Freigabeordner in dem alle weiteren Dateien liegen.
Die Freigabeordner habe ich über "Mit Server verbinden" eingebunden - sie werden beim Start des Mac auch automatisch verbunden.

2 der 3 Freigabeordner machen keine "Probleme" - alle Dateien erscheinen im Finderfenster schön schwarz.
Nur 1 der Laufwerke mit seinem Freigabeordner unterscheidet sich - dort werden nur 2 Verzeichnisse schwarz angezeigt, alle anderen sind blau/transparent.
Aber alle Daten sind auch dort zugreifbar und vorhanden.

Frage - woran liegt das ?

Das bedeutet normalerweise, dass die "ausgegrauten" Ordner als versteckt deklariert wurden, Du im Moment aber die Funktion des Finders eingeschaltet hast, versteckte Objekte anzuzeigen.

Über das Tastaturkürzel »--.(Punkt)« können die versteckten/unsichtbaren Objekte angezeigt bzw. versteckt werden.