Hallo,
ich hab da eine merkwürdige Fehlermeldung bei der Aktivierung der Freischaltung durch die AppleWatch ( hier 1 mit OS3 auf MBA13 Mid 2013 ):
Die Zwei-Faktor-Authentifizierung wird benötigt, damit deine Apple Watch den Mac entsperren darf.

Zum Aktivieren der Zwei-Faktor-Authentifizierung muss zuerst unter appleid.apple.com die zweistufige Überprüfung deaktiviert werden.
Warum muss ich Zwei Faktor deaktivieren, damit ich sie aktivieren kann??

1. Ich finde es etwas kundenunfreundlich, dass beide Funktionen so extrem ähnlich benannt wurden.

zu deiner Frage:
Beide Funktionen leisten (fast) das gleiche: Nämlich, dass deine Apple-ID zusätzlich zum Passwort noch mit einem Code abgesichert ist.
Die zweistufige ist dabei an die Apple-ID gebunden (von der Funktion), die Zwei-Faktor an iCloud. Mit iOS 9 und OSX 10.11 ist Zwei-Faktor möglich. Diese hat mehrere Vorteile:
1. auch Macs können als vertrauenswürdiges Gerät verwendet werden
2. mehrere Telefonnummern können hinterlegt werden
3. Möglichkeit den Code per Anruf oder SMS an Telefonnummer zu erhalten
4. Die Bestätigung kann an jedem beliebigen Gerät erfolgen (ohne vorherige Auswahl)
5. Ungefährer Standort des Zugriffes wird angezeigt.
6. Der Code ist länger (6 statt nur 4 Stellen)

Siehe auch hier: und hier:

Außerdem ist Zwei-Faktor die neuere und wahrscheinlich zukunftsweisendere Methode bei Apple.

Vielen Dank für die Info, hatte das selbe Problem und Dein Kommentar war extrem hilfreich!
Jetzt kann ich auch meinen iMac mit der AppleWatch entsperren.