Wie mache ich denn aus meinem in Eclipse programmiertem Java Programm eine unter Win und Mac funktionierende ausführbare Datei?
Habe derzeit das Problem das mein Programm nur läuft wenn ich es innerhalb von Eclipse kompiliere und starten lasse.

Schau mal hier:
developer.apple.com/documentation/Java/Conceptual/Java14Development/index.html
Dort stehen die Deployment Options.

Wenn es 1:1 auch auf Windows laufen soll, dann läuft es wohl auf ein Double-Clickable Jar File hinaus.

Eclipse 3.0.x:

File > Export > Mac OS X application bundle.

Dann einfach die entsprechende Konfiguration auswählen, evtl. weitere Einstellungen (etwa Icon) im Wizard vornehmen und fertig.
So läuft das Teil zumindest unter OS X und ist für den Anwender (fast) nicht als Java-Applikation erkennbar.

Ansonsten, wie MacMark schon schrieb, ein Double-Clickable Jar File.

Je nachdem, um welche Art von Anwendung es sich handelt, kann ich die Eclipse Rich Client Platform sehr empfehlen.. das gerade erschiene Milestone 5 enthält neu Funktionen, um Anwendungen "direkt und einfach" als eigene RCP-Anwendung/Plugin zu exportieren..