In den Apple Discussions melden viele Benutzer von unterschiedlichen iPhone-Modellen, dass sich nach der Aktualisierung auf iOS 6.1 Probleme mit der Akku-Laufzeit einstellen. Einige Kunden berichten, dass nach wenigen Stunden fast ohne Nutzung des Gerätes der Akku um mehr als 50% entleert wurde. Ferner berichten einige Kunden, dass die Geräte nach der Aktualisierung deutlich wärmer wird als vorher. Momentan sind nur wenige Kunden von diesen Problemen betroffen. Momentan ist weder er Grund noch eine Lösung bekannt.
Es ist möglich, dass die verringerte Akku-Laufzeit und die stärkere Wärmeentwicklung durch einen Prozess in iOS hervorgerufen werden, welcher aufgrund eines Fehlers bei manchen Kunden ständig Prozessorleistung verlangt.

Zusätzlich hat heute der englische Mobilfunkprovider Vodafone UK Warnungen an Kunden herausgeschickt, die ein iPhone 4S besitzen. Diese sollen das Update auf iOS 6.1 aufschieben, da sich nach der Aktualisierung wohl Probleme mit der Verbindung ins UMTS-Netz ergeben. Bisher ist unbekannt, ob das Problem nur das Vodafone-Netz in England betrifft oder ob auch Kunden anderer Mobilfunkprovider betroffen sind.