Mit der Veröffentlichung von Safari 3.2 hat Apple auch mehrere Sicherheitslücken geschlossen. Insgesamt vier Sicherheitslücken in Mac OS X sowie ganze sieben Sicherheitslücken in Windows wurden mit der neuen Version geschlossen. Die Sicherheitslücken ermöglichten unter anderem das Auslesen von sensiblen Informationen beim automatischen Ausfüllen von Formularfeldern sowie durch Speicherüberläufe das Einschleusen schädlicher Programmanweisungen. Weiterhin konnten Plug-Ins unter Safari 3.1 in jedem Fall lokale URLs aufrufen, womit unter Umständen ebenfalls schädliche Programmanweisungen möglich waren. Da dies auch die weit verbreiteten Flash-Inhalte betrifft, sollten Anwender möglichst zügig auf die neue Version aktualisieren. Safari 3.2 ist für Mac OS X 10.4 und Mac OS X 10.5 erschienen und als vollständiger Download 25 bzw. 39 MB groß.